Revelado pelo Desportivo Brasil, Jonathan Cafú começou a se destacar pela Ponte Preta, em 2014, e foi contratado no ano seguinte pelo São Paulo.

No Tricolor, não brilhou tanto e acabou negociado com o Ludogorets, da Bulgária. No futebol europeu, passou por Bordeaux, da França, e Estrela Vermelha, da Sérvia, até ser comprado pelo clube árabe em janeiro de 2020.